《女神異聞錄圣潔之魂》的故事舞臺(tái)設(shè)定在近未來(lái)的新興都市——綾風(fēng)市。這座城市正逐漸從十年前一場(chǎng)被稱(chēng)為“同時(shí)多發(fā)無(wú)氣力癥”的神秘災(zāi)難中恢復(fù)生機(jī)。高中生神鄉(xiāng)慎與弟弟洵在母親去世后，離開(kāi)了生活十年的故鄉(xiāng)，搬到了綾風(fēng)市，并與闊別十年、如今擔(dān)任綾風(fēng)市警察署長(zhǎng)的哥哥諒重逢。然而，這場(chǎng)久別團(tuán)聚并未帶來(lái)安寧。綾風(fēng)市接連發(fā)生無(wú)法用常理解釋的怪異事件，市民離奇失蹤，出現(xiàn)精神異常，整個(gè)城市籠罩在不安的迷霧中。 作為警察署長(zhǎng)的神鄉(xiāng)諒一直在暗中追查這些事件，他懷疑背后有一個(gè)神秘組織在操控一切。與此同時(shí)，原本過(guò)著普通校園生活的慎，在一次意外中被卷入某個(gè)事件，體內(nèi)沉睡的“Persona”能力突然覺(jué)醒。Persona是一種源自心靈深處、能夠具象化為強(qiáng)大力量的人格面具。慎的覺(jué)醒并非偶然，他似乎與這座城市隱藏的真相有著深刻的聯(lián)系。隨著調(diào)查的深入，慎和洵發(fā)現(xiàn)，他們已故的父親也曾研究過(guò)Persona，而哥哥諒似乎知曉更多內(nèi)情，卻始終諱莫如深。 三兄弟被命運(yùn)的絲線(xiàn)緊緊纏繞，他們各自懷揣著對(duì)過(guò)去的疑問(wèn)與對(duì)親情的復(fù)雜情感，共同面對(duì)接踵而至的危機(jī)。神秘的敵對(duì)組織、身份成謎的敵人、以及城市底層涌動(dòng)的黑暗逐漸浮出水面。慎在摸索運(yùn)用Persona力量的同時(shí)，也必須與哥哥諒、弟弟洵攜手，解開(kāi)家族過(guò)往的謎團(tuán)，并阻止一場(chǎng)可能顛覆整個(gè)綾風(fēng)市的巨大陰謀。這是一場(chǎng)關(guān)于成長(zhǎng)、羈絆與面對(duì)內(nèi)心陰影的深刻旅程。