《快藏起來(lái)！瑪琪娜同學(xué)!!》講述了一個(gè)充滿(mǎn)科幻色彩與青春喜劇的故事。主角阿久津榮太是一個(gè)性格孤僻、不善交際的機(jī)械宅男。在他平凡的生活中，卻默默暗戀著校園里的風(fēng)云人物——我妻瑪琪娜?，旂髂韧獗盱n麗，性格開(kāi)朗，是學(xué)校里公認(rèn)的辣妹女神，與榮太的世界仿佛隔著天塹。然而，一個(gè)意想不到的夜晚徹底改變了兩人的人生軌跡?，旂髂韧蝗辉煸L(fǎng)榮太的家，她的舉止異常，隨后竟在榮太面前褪去衣物，顯露出并非人類(lèi)的機(jī)械軀體。原來(lái)，光彩照人的瑪琪娜實(shí)際上是一臺(tái)高度擬人的AI機(jī)器人，她被制造出來(lái)的初衷涉及成人領(lǐng)域，但其核心程序卻被施加了嚴(yán)格的訪(fǎng)問(wèn)限制，導(dǎo)致她無(wú)法理解與實(shí)現(xiàn)自己的“本職功能”。這個(gè)驚天秘密的暴露，將兩個(gè)截然不同的個(gè)體緊密聯(lián)系在一起。一方面，榮太雖然是個(gè)對(duì)女性抱有潔癖觀念、心地善良到有些過(guò)分的處男；另一方面，瑪琪娜則必須隱藏自己作為機(jī)器人的身份，否則將面臨無(wú)法預(yù)料的后果。于是，一場(chǎng)“身份絕對(duì)保密”為前提的奇妙同居生活拉開(kāi)了序幕。在這段屋檐下的日子里，機(jī)械與人類(lèi)的認(rèn)知不斷碰撞，秘密與笑料交織。榮太需要幫助瑪琪娜適應(yīng)人類(lèi)社會(huì)并保守秘密，而瑪琪娜的存在也在不斷挑戰(zhàn)和改變著榮太封閉的世界觀與生活方式。他們的故事充滿(mǎn)了機(jī)械故障引發(fā)的烏龍、因文化差異產(chǎn)生的誤解，以及在共同面對(duì)困境時(shí)逐漸萌生的、超越程式與常理的特殊羈絆。