《海峽往事》以1894年甲午戰(zhàn)爭后，日本強占臺灣實行殖民統(tǒng)治的歷史為宏大背景。1915年，泉州少林寺武僧陳宗漢赴臺組織起義失敗，在奪回被日警局長山田搶走的關(guān)渡宮媽祖金身后，將金身與幼子托付給臺灣同春堂老板林文軒后犧牲。為保護媽祖金身，林文軒忍痛將親生兒子林正青冒充陳宗漢之子交給山田，由此埋下家庭誤解與時代悲劇的種子。山田將真正的陳宗漢之子收養(yǎng)為日本人雄一，并矢志奪回媽祖金身以雪前恥。時光流轉(zhuǎn)至1937年，日本全面侵華，成年后的雄一以警察身份回到臺灣推行“皇民化”，卻因接觸林文軒而對中華文化產(chǎn)生認同，并逐漸探尋自己的身世之謎。與此同時，陳宗漢之女海韻回臺尋仇抗日，林文軒之子林正青則深陷日軍生化實驗的陰謀。劇中人物命運交織，林文軒堅守民族氣節(jié)，組織抵制運動；雄一在血緣與養(yǎng)育之恩間痛苦掙扎；海韻、正青等青年一代投身救亡。最終，歷經(jīng)重重險阻與犧牲，媽祖金身得以回歸泉州，而林文軒為保護國寶與山田同歸于盡。該劇通過一尊媽祖金身的守護與回歸，串聯(lián)起兩岸同胞跨越五十年的血淚抗爭史，歌頌了為民族解放付出巨大犧牲的先烈，銘記了臺灣同胞不朽的愛國功勛。