曾經(jīng)，一個(gè)高度發(fā)達(dá)的先進(jìn)種族Ancient以地球?yàn)榛兀瑤装偃f(wàn)年前，不知什么原因，他們離開(kāi)地球去了某地，在南極只留下一個(gè)前哨站。在Jack O'Neill將軍用前哨站的一種Ancient武器消滅前來(lái)攻擊地區(qū)的Goa'uld人的艦隊(duì)之後，各國(guó)合作建立了南極聯(lián)盟，為研究前哨站里的Ancient科技、促進(jìn)國(guó)際合作與和平而共同努力。在研究過(guò)程中，他們發(fā)現(xiàn)了Ancient離開(kāi)地球后所去的地方——飛馬座星系。于是，為了發(fā)掘被埋沒(méi)的歷史、探索未知的世界，各國(guó)組建了亞特蘭蒂斯探險(xiǎn)團(tuán)隊(duì)，通過(guò)星際之門(mén)到達(dá)了幾百萬(wàn)年前從地球飛走的亞特蘭蒂斯城。　　但不幸的是，地球人的到來(lái)驚醒了一群統(tǒng)治飛馬座星系的怪物——Wraith，他們技術(shù)先進(jìn)、體格健壯，性情粗野殘暴，不講信義，而且以人類(lèi)為牲畜，吸人生命。一萬(wàn)年前他們打敗了Ancient并迫使其逃回地球，而探險(xiǎn)隊(duì)也發(fā)現(xiàn)了一個(gè)驚人的事實(shí)：Wraith是Ancient試驗(yàn)的產(chǎn)物！為了對(duì)抗強(qiáng)大的Wraith，亞特蘭蒂斯的小分隊(duì)不得不探索飛馬座星系諸星球，與飛馬的原住民聯(lián)系，試圖找到抵御Wraith的方法，經(jīng)歷了一次次險(xiǎn)象環(huán)生的旅程。