《國(guó)家機(jī)密2》是一部扣人心弦的現(xiàn)代諜戰(zhàn)劇。故事始于一陣深夜的緊急電話：八所工程師在火車站丟失了裝有重要科研項(xiàng)目的機(jī)密文件包。偵察員林云飛奉命介入，卻在看似已破的普通盜竊案中發(fā)現(xiàn)了蹊蹺。經(jīng)驗(yàn)豐富的洪處長(zhǎng)敏銳判斷此為間諜案，并迅速接手。調(diào)查指向嫌疑人張銓，然而張銓卻在詢問(wèn)前離奇被殺，線索中斷。上級(jí)緊急通報(bào)，失竊情報(bào)可能在48小時(shí)內(nèi)通過(guò)衛(wèi)星自動(dòng)發(fā)射，時(shí)間緊迫。 關(guān)鍵時(shí)刻，林云飛運(yùn)用特殊偵察手段，成功迫使代號(hào)“無(wú)面人”的境外間諜認(rèn)罪，截獲了情報(bào)。然而勝利的喜悅還未散去，新的危機(jī)接踵而至——本市另一重點(diǎn)科研機(jī)構(gòu)“動(dòng)力所”的重要科研計(jì)劃遭泄露。年輕的女偵察員石慧空降成為專案組新負(fù)責(zé)人。為深入調(diào)查，林云飛化身動(dòng)力所辦公室副主任潛入內(nèi)部，竟發(fā)現(xiàn)火箭燃料K1樣品不翼而飛。經(jīng)過(guò)縝密推理，他大膽懷疑工程師袁知方監(jiān)守自盜，由此牽引出背后代號(hào)“戴安娜”的境外間諜小組。行動(dòng)雖截獲部分樣品，卻發(fā)現(xiàn)K1已少了一半，暗示背后黑手仍未現(xiàn)身。 隨著偵查深入，一個(gè)神秘女人——TTC公司董事長(zhǎng)金夢(mèng)浮出水面。她實(shí)為境外間諜組織成員，利用公司為掩護(hù)竊取情報(bào)，并對(duì)背景特殊的林云飛產(chǎn)生濃厚興趣。為此，石慧制定險(xiǎn)棋：派林云飛打入TTC公司近敵偵察。在間諜組織嚴(yán)酷的信任考驗(yàn)中，林云飛與戰(zhàn)友緊密配合，化解一次次危機(jī)，逐步取得金夢(mèng)信任。然而，負(fù)責(zé)組織安全的王躍龍始終對(duì)他心存戒備。就在林云飛工作漸入佳境之時(shí)，動(dòng)力所火箭燃料K2配方再度失竊，一場(chǎng)更加復(fù)雜兇險(xiǎn)的暗戰(zhàn)就此拉開(kāi)序幕。劇情環(huán)環(huán)相扣，生動(dòng)刻畫了國(guó)安戰(zhàn)士在無(wú)形戰(zhàn)線上與敵人斗智斗勇、捍衛(wèi)國(guó)家安全的英勇故事。